(一)备案环节

商务部门按照过去的模式以合同为单元审批，海关实行以企业为单元的集约化备案管理，但企业可以根据业务管理需要逐合同或多合同合并向海关申请手册，其作业流程调整为：

1.所有企业在手册备案前向主管海关提供该企业所涉及保税商品的归类资料，海关对其进行归类审核。经主管海关核准为企业建立加工贸易项号级备案资料数据库(或称备案底帐)，其表头增加企业最近一年加工贸易业绩，以进口总值计;表体部分为商品编码、商品名称和计量单位，商品数量暂不备案;

2.企业根据商务批准证核发通关电子手册，可以以企业为单元申请手册，也可以以合同为单元申请手册;若以企业为单元管理的，则按照联网监管标准版进行管理。(类似电子帐册)

3.企业申请手册时依照备案底帐录入项号级数据申领通关电子手册，计算机对照“备案底帐”进行电子审核，审核内容包括贸易许可、加工能力和是否已经经过海关归类。电子审核通过的，生成手续性单证。企业可自行下载打印海关电子审核通过回执。

4.企业凭审核通过回执，向海关办理接单手续。海关核实纸面单证，对于需开设台帐联系单的，海关打印台帐联系单，交还企业。由企业自行或通过电子口岸小额支付系统在银行办理相关手续。海关登记保证金台帐联系单后，核发通关电子手册(IC卡);对于不需开设台帐联系单的，主管海关一次接单确认，直接核发通关电子手册(IC卡)，企业凭IC卡办理保税货物的进出口通关手续，其电子授权模式同现有的电子手册系统。

(二)通关环节

与现有电子手册管理系统的逻辑检控一致。

(三)核查环节

调阅手册数据，结合监管风险，进行下厂核查。

(四)核销环节

企业按照联网监管标准版对电子手册的管理要求申报核销数据，海关通过电子比对进行报关单和核销表数据的核算，对于核算通过的，将核算回执返回企业，企业凭核算回执来海关办理核销结案手续。对于核算不通过的，企业可重新补报或凭核算不通过回执来海关进行数据核对。核对完成后，才能办理核销结案手续。企业不需提供报关单、核销表等纸面单证，但海关应保留要求企业提供其他单证的权利。